Náklady řízení tvoří především hotové výdaje účastníků řízení a jejich zástupců, včetně správního poplatku. Pokud není stanoveno jinak, nese správní orgán a každý účastník své náklady sám. Existují i případy, kdy se uplatní zásada zavinění, tedy že náklady hradí ten, kdo správní řízení vyvolal porušením své povinnosti. V řízení sporném platí zásada úspěchu ve věci. Správní orgán přizná náhradu nákladů tomu účastníkovi, který měl plný úspěch ve věci. Pokud je úspěch pouze částečný, může náhradu nákladů poměrně rozdělit nebo rozhodnout, že na ni nikdo nemá právo.